技术分享:内质网输出COPII识别亲和力可调控STING信号强度
cGAS-STING信号通路在先天免疫、炎症、癌症及神经退行性疾病中发挥着重要作用。环状鸟苷酸-腺苷酸合成酶(cGAS)可识别细胞质中双链DNA(dsDNA),并催化合成环状鸟苷酸-腺苷酸(cGAMP),后者作为第二信使激活干扰素基因刺激因子(STING)[1]。STING是一种内质网(ER)驻留膜蛋白,以二聚体的形式存在,在与cGAMP结合后发生寡聚化,并从ER转运至高尔基体,该过程由COPII囊泡介导[2]。在高尔基体上,STING招募来TANK结合激酶1(TBK1),促使TBK1通过反式自磷酸化被激活。活化的TBK1对STING和转录因子干扰素调节因子3(IRF3)进行磷酸化,随后磷酸化IRF3二聚体转移到细胞核中,从而介导I型干扰素基因的转录[3]。因此,STING的ER输出对于激活cGAS-STING下游信号通路至关重要。
COPII负责货物分选及从ER到高尔基体的顺向囊泡运输[4]。COPII的组装始于SEC12招募SAR1,并将SAR1结合的GDP交换为GTP[5]。激活的SAR1-GTP招募SEC23/SEC24异源二聚体,其中SEC24作为货物结合的支架平台[6]。哺乳动物细胞表达四种SEC24亚型(SEC24A–D),可根据同源性分为两个亚类,SEC24A/B亚类与SEC24C/D亚类识别不同的货物基序:SEC24A/B识别货物蛋白中的双酸性基序、双疏水性基序和LxxLE基序,而SEC24C/D识别尚不明确的IxM包装信号。货物结合后,SEC23/SEC24招募SEC13/SEC31异源四聚体,进而驱动膜弯曲和囊泡形成[6]。最终,这些蛋白质组装成笼状复合体,即COPII囊泡,包含一个内壳(Sec23/Sec24/货物)和一个外层笼子(SEC13/SEC31)。然而,COPII囊泡介导的STING ER输出的具体分子机制目前尚不清楚。
2026年5月,Cell期刊报道了一项研究,鉴定出人源STING序列的339EEVTV343基序是COPII囊泡货物结合蛋白SEC24C所识别的内质网(ER)输出信号。STING的ER输出选择性依赖于SEC24C,这种依赖是通过STING与SEC24C上的IxM货物结合位点相互结合而实现的。突变EEVTV基序或IxM都会破坏STING的转运与信号转导功能。EEVTV是次优的ER输出基序,其与SEC24C的结合亲和力并非最强,使得能够调控STING从ER输出的速率和程度,防止免疫系统过度激活。通过工程化改造获得的“超强ER输出”STING具有组成型活性,始终处于激活状态,以此诱导了强效的抗肿瘤免疫反应。该研究阐明了STING的ER输出机制,为调控STING信号通路提供了新的策略[7]。
首先,研究者重新评估SEC24各亚型在STING信号通路中的作用。针对四种SEC24亚型设计靶向sgRNA,在敲除鼠源Sting并表达携带HA标签人源STING的小鼠胚胎成纤维细胞(MEF)中分别进行基因敲除。添加STING小分子激动剂diABZI后,通过RT-qPCR检测下游靶基因Ifnb和Cxcl10的表达水平,以此作为STING成功转运和激活的检测指标。与先前报道相一致,证实了SEC24C是STING信号通路所需的主要亚型。为探究SEC24C如何结合STING,使用AlphaFold3预测人源全长SEC24C与STING二聚体的复合物结构(hSEC24C:hSTINGx2)。有趣的是,原先认为在STING的胞质配体结合区LBD和C端TBK1结合基序(TBM)之间的连接区为无序序列,而AlphaFold3预测在形成复合物后,连接区内形成了一段短的β链(339EEVTV343)。该β链通过与SEC24C的一个β链形成小型反平行β折叠片,从而与SEC24C的货物结合沟槽相互作用(图一A-C)。SEC24C的货物结合沟槽(895LIL897)即已知的IxM结合位点,负责选择性识别特定货物如GOSR2和STX5。但与所有SEC24亚型中被充分表征的B位点不同[8],IxM结合位点的研究相对较少。预测STING的339EEVTV343与SEC24C可形成多个接触位点,例如E339和E340的侧链分别通过静电相互作用与SEC24C的R840和S888结合,而V341和V343的主链原子通过氢键与SEC24C的L895和L897接触(图一B)。

图一 鉴定出人源STING的339EEVTV343为ER输出基序[7]
由此,研究者对上述预测位点进行STING基序突变研究,设计为E339K、E340K、E339K/E340K、V341E/V343E和V341Q/V343Q,旨在改变残基电荷或疏水性,以破坏STING与SEC24C之间的接触。在StingKO MEF细胞中表达野生型STING或突变体,各组表达水平相当(图一D),但所有突变体在诱导Ifnb或Cxcl10表达方面都存在缺陷(图一E)。可见野生型STING在diABZI刺激1小时后从ER转运至高尔基体,表现为与高尔基体标志物GM130的强共定位;且在刺激8小时后,由于溶酶体降解,STING信号几乎不可见(图一F)。相比之下,大多数STING基序突变体在diABZI刺激后8小时内均未与高尔基体共定位,仍滞留在ER上(图一F)。评估细胞内STING与SEC24C的相互作用,在表达FLAG-SEC24C和HA-STING的细胞中采用邻位连接技术进行检测。在对照处理的细胞中检测到微弱的PLA信号,而在cGAMP或diABZI刺激后,PLA信号显著增强(图一G),表明配体激活STING可促进SEC24C的招募。与野生型STING相比,E339K/E340K和V341E/V343E突变体与SEC24C的PLA信号均显著降低(图一H),表明突变体与SEC24C的结合能力显著减弱。为确定STING是否直接结合SEC24C,研究者纯化重组STING-FL(全长1-379)和139-379(胞质区),以及后者引入V341E/V343E突变。同时纯化重组SEC24C(309-1094),该片段缺乏N端无序区,但包含货物结合结构域。重组STING-FL和139-379均能与SEC24C体外免疫共沉淀(图一I),但V341E/V343E突变蛋白与SEC24C的体外相互作用发生减弱(图一J)。以上数据表明,339EEVTV343是STING通过SEC24C介导ER输出所必需的序列。
已知SEC24C在STING信号通路中发挥作用,但其功能结构域尚未被鉴定。为探究SEC24C货物结合沟槽的突变对STING转运及信号转导的影响,研究者构建了Sec24ckoStingko的MEF细胞,并表达人源HA-STING、以及野生型或突变型人源FLAG-SEC24C(图二A)。R840D和S888E突变蛋白的表达水平与野生型SEC24C相当,而L895A/L897A、I896E和E899R突变蛋白的表达水平低于野生型SEC24C(图二A)。值得注意的是,除E899R外,其他SEC24C突变体均降低了diABZI刺激的Ifnb和Cxcl10表达(图二B),提示E899位点对结合影响不大(图一B)。进一步分析SEC24C货物结合位点的三个单点突变体R840D、S888E和I896E,发现均导致STING的ER输出受损(图二C)。邻位连接实验显示,HA-STING与野生型FLAG-SEC24C之间存在强相互作用,但与这三个SEC24C单点突变体无明显互作(图二D)。此外,利用纯化蛋白进行免疫共沉淀实验。与SEC24C野生型相比,I896E突变体与STING的体外相互作用减弱(图二E)。以上数据表明,SEC24C的IxM结合位点对于STING的ER输出及其信号转导功能至关重要。

图二 SEC24C的IxM结合位点是STING ER输出及信号转导所必需[7]
R284S是一种导致功能获得型疾病的人源STING突变体,可自发寡聚化并转运至后高尔基体囊泡[9]。接下来,研究者利用自激活型STING突变体R284S进行C端的截短研究。此前STING截短研究已鉴定出C端存在多个重叠的功能基序:C端尾部(CTT,344-379)、miniCTT(343-354)、TBK1结合基序、IRF3结合基序、衔接蛋白复合物1结合基序,以及未折叠蛋白反应基序(322-343,图三A)。339EEVTV343 ER输出基序恰好位于这些已定义结构域的中间,为确定该基序的功能,在突变体R284S基础上分别截短至氨基酸334、338、343和350。在StingKO MEF细胞中分别表达STING野生型、R284S全长、或R284S截短突变体(图三A),并通过共聚焦显微镜分析STING的亚细胞定位。在没有配体刺激的情况下,STING野生型定位于ER,而R284S全长定位于高尔基体。未包含该基序的截短突变体Δ334和Δ338仍定位于ER,而包含该基序的Δ343和Δ350则定位于高尔基体(图三A)。为验证这一结果,也在野生型STING中构建类似的截短突变体,并用diABZI刺激细胞(图三B)。同样的,diABZI可诱导STING野生型和STING-Δ343发生ER向高尔基体的转移,但STING-Δ334和STING-Δ338则不能(图三B)。此外,C末端增加外源性ER输出基序DxE的STING-Δ334(STING-Δ334-DxE),在diABZI刺激下也成功转运至高尔基体(图三B)。

图三 STING ER输出基序是向高尔基体运输的必要且充分条件[7]
进一步测试该输出基序是否足以介导非相关货物蛋白的ER输出。选择PRA1作为模型,该蛋白在稳态下依赖C末端的双酸性基序转运至高尔基体[10]。结果显示,缺失C末端的PRA1-ΔTail大量滞留于ER,而PRA1-ΔTail增加了EEVTV基序的PRA1-ΔTail-STING可显著恢复高尔基体定位(图三C)。为生化验证EEVTV输出基序与SEC24C的结合,进行了GST下拉实验。发现与单独GST相比,GST-EEVTV能够有效下拉更多的SEC24C蛋白,而突变体EEETE则不行(图三D)。此外,SEC24C的IxM突变体(I896E)也削弱了EEVTV与SEC24C的相互作用(图三E)。以上数据表明,ER输出基序EEVTV是STING从ER转运到高尔基体的必要且充分条件。
通常COPII货物是组成性从ER输出,但STING的ER输出需要配体的刺激才能被SEC24C介导。一种可能的解释是别构调节:配体结合可能改变STING ER输出基序的构象,使其能够被SEC24C识别。为验证这一假设,研究者将VSV-G的DxE基序添加在全长STING的C末端(STING-DxE),理论上DxE位于C末端应完全暴露。有趣的是,在静息状态下STING-DxE仍滞留于ER,且向高尔基体的运输仍然需要diABZI的刺激(图四A)。因此,别构调节机制似乎不成立。

图四 STING的寡聚化是其ER输出所必需的[7]
另一种可能性是STING的寡聚化能够克服SEC24C与STING二聚体之间的低亲和力相互作用。将纯化的STING-FL蛋白与cGAMP或diABZI共同孵育,可形成高度有序的寡聚体。STING-FL与SEC24C能够发生免疫共沉淀,cGAMP处理可增强这种相互作用,并且STING的胞质区139-379也能与SEC24C发生免疫共沉淀(图四B),证实了两者的相互作用是通过其胞质区所介导。然而,cGAMP不能增强SEC24C与STING胞质区之间的相互作用(图四B),后者因缺乏跨膜结构域,无法形成稳定的寡聚体,提示了STING寡聚化对于增强与SEC24C的结合至关重要。进一步使用BB-Cl-脒处理细胞,该药物可通过共价修饰Cys148抑制STING的寡聚化[11]。BB-Cl-脒处理后,显著阻断了diABZI诱导的STING ER输出(图四C)。此外,测试了破坏寡聚化的已知STING突变体,其中Q273A/A277Q突变可破坏STING的寡聚化界面,而C148A突变则影响旋转及寡聚化所需的构象变化[12]。结果显示,这两种突变体在diABZI刺激后均无法从ER输出(图四D)。邻位连接实验显示,与野生型STING相比,这两种突变体在diABZI刺激后招募的SEC24C显著减少(图四E)。以上数据表明,STING的寡聚化是其ER输出所必需的。
最后,研究者探究这一结合调控ER输出机制的生理意义。使用AlphaFold3预测了九种已知货物蛋白与SEC24C的结合模式[13],其中四种货物蛋白NleA、STX5、GOSR2和 RTN3的结合预测获得了大于0.5的ipTM评分,具有高置信度。这四种货物蛋白均含有一个β链,与STING相似结合在SEC24C的同一沟槽上,但这四种蛋白与SEC24C的结合序列均显著长于STING的ER输出基序(图五A)。此外,与STING相比,NleA的结合基序EDVVIDIE预测与SEC24C存在两个额外的接触位点G839和R1090(图五B)。为验证NleA预测基序与SEC24C的IxM位点的结合情况,分别使用GST或GST-EDVVIDIE进行下拉实验,检测与野生型SEC24C或I896E突变体的免疫共沉淀。结果显示,EDVVIDIE与野生型SEC24C有强结合,结合强度显著高于STING的EEVTV,但与I896E突变体无结合(图五C和D),表明对于SEC24C的IxM结合位点,NleA基序比STING基序具有更强的结合亲和力。

图五 STING利用次优ER输出基序以避免免疫信号的过度激活[7]
接下来,研究者尝试将STING的339EEVTV343替换为NleA基序EDVVIDIE,设计出一个超强ER输出STING突变体(STING-NleA)。在免疫共沉淀实验中,STING-NleA与SEC24C的相互作用强于野生型STING(图五E)。随后进行HEK293T/IFN-Luc报告基因实验,该细胞系不表达内源性cGAS或STING,常用于检测STING信号活性。表达STING功能获得型SAVI突变体V155M和R284S的细胞,荧光素酶活性相比野生型STING分别升高了3倍和232倍;值得注意的是,表达STING-NleA的荧光素酶活性相比野生型STING升高了521倍(图五F)。进一步在STING-NleA中引入R238A/Y240A突变以消除cGAMP结合能力,发现该突变并未影响活性(图五G),表明STING-NleA可不依赖配体结合,直接激活干扰素信号。免疫印迹分析显示,仅表达STING-NleA即可诱导强烈的稳态pSTING、pTBK1和pIRF3水平,且cGAMP刺激后不再进一步升高(图五H)。STING-NleA的这种高活性并非依赖于组成性寡聚化,因其与本底野生型STING相似,主要以二聚体形式存在(图五I)。在StingKO MEF细胞表达STING-NleA,可组成性地定位于高尔基体;而引入两个破坏SEC24C结合点突变[14] 的STING-NleA-mt(EDVVADAE)失去了高尔基体定位(图五J),以及干扰素信号活性(图五K)。以上数据表明,STING天然存在的短且低亲和力的ER输出基序,是一种防止免疫过度激活的调控机制。以此构建的超强ER输出突变体STING-NleA,因与SEC24C的高亲和力,组成性定位于高尔基体,不依赖配体就能强力激活干扰素信号, 具有强效抗肿瘤活性。
综上所述,该研究鉴定出人源STING的内质网(ER)输出信号339EEVTV343基序,可与SEC24C的IxM货物结合沟槽相结合。无论是EEVTV基序的突变,还是SEC24C结合沟槽的突变,都会导致二者的结合受损、STING的ER滞留、以及下游的干扰素信号减弱。STING天然339EEVTV343基序是一种次优的ER输出基序,与SEC24C的结合亲和力并非最强,这种机制使得细胞能够控制STING从ER输出的速率和程度,防止下游信号的过度激活,从而维持免疫稳态。此外,进化分析发现STING的ER输出基序在脊椎动物中高度保守,以EEΦxΦ为特征,足以介导非相关蛋白的ER输出。该研究阐明了STING的ER输出机制,揭示了该过程的可调控性及其生理意义,提出了调节STING信号转导强度的新途径。

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