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分子细胞科学卓越创新中心“青年学者”论坛第四讲——单细胞测序下的细胞发育追踪
2017-12-15
 

  2017年12月13日,分子细胞科学卓越创新中心“青年学者”论坛第四期在新生化大楼312报告厅举行。“青年学者”论坛由生化与细胞所细胞生物学重点实验室、分子生物学重点实验室及研究生会共同主办。本期活动邀请报告人的是来自美国哈佛-麻省理工博德研究所的舒健博士。

  报告中,舒健博士向大家详细介绍了他卓越的工作成果。他的课题是“Reconstruction of developmental landscapes by optimal-transport analysis of single-cell gene expression sheds light on celluar reprogramming.”。舒健博士首先介绍了细胞重编程相关的背景知识,如干细胞领域诺奖得主Yamanaka提出的四因子诱导体细胞重编程为iPS细胞(Induced pluripotent stem cell)。其次他总结了自己近期工作的核心,他们以Konrad Hochedlinger实验室的Reprogrammable 2nd Mice系统为研究对象,介绍了一种基于单细胞测序的细胞发育过程的追踪方法,并与目前常用的psuedo time法和real time 法相比较,阐明了其技术优势。基于此技术优势,他们研究了在细胞重编程这个连续的过程中,细胞marker发生的一系列变化。最后,他也提出了自己后期的工作计划,希望能从“social network”的角度去解释细胞重编程中细胞类型发生变化的分子机制。

  在互动环节,观众提出了一系列问题。如细胞重编程过程中Day6细胞较多且分布弥散,但最后检测到的iPS细胞量很少,那其他细胞去了哪里?汇报中提到的数学模型“Waddington-OT”相较于已有的检测重编程细胞的模型有什么特别的优势么?汇报中提到的“social network”这种交流是指“neighbor cell”的细胞表面接触还是指细胞间涉及“transcriptional factors”的信号交流?针对以上问题舒也一一作出解答。他表明目前已有的细胞重编程过程中的检测方法都存在一定的缺陷,无法检测到丢失细胞的去路,且他们提出的数学模型“Waddington-OT”更加接近与随机分布,更加符合生物学特征。且细胞间的网络化连接所指的是一切由细胞所发出的可促进细胞类型改变的信号。

  讲座之后,舒健博士向生化所的师生表达了自己的谢意,鼓励同学们认真做好科研,享受生活,也祝福大家能顺利完成学业。 分子细胞科学卓越创新中心 “青年学者”论坛第期活动圆满结束!

 


 
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